清理战时文物损失委员会成立后，在陈训慈先生的实际主持下，各地代表和工作人员满怀爱国热情，克服重重困难，认真清查文物损失情况。但日寇对中国文物的破坏、掠夺实在太严重了，要完整、详尽地调查文物的损失情况，几乎是不可能的。经过非常艰苦的努力，到1946年底1947年初，清理战时文物损失委员会统计得出在1937至1945年间中国各地被日军劫掠和毁坏历史古迹741处，书画类15000多件，古器物类16000多件，碑帖类9300多件，珍稀书籍类300万册，杂件类60多万件，并将此统计结果上报教育部和国民政府。
清理战时文物损失委员会同时还承担追回被劫掠文物以及接收敌伪图书文物的任务。比如徐森玉先生先后接收上海敌伪图书124箱51666册、南京敌伪图书69箱34525册，运送重庆罗斯福图书馆收藏，其中珍本、善本图书605种9873册。比如王世襄先生，在被马衡和梁思成先生推荐为平津区助理代表后，因英文底子好，还承担了《战时文物损失报告表》的中英文校对工作。他在北平、天津先后没收了德国人杨宁史所藏青铜器，收购了收藏家郭葆昌所藏瓷器，追回美军少尉非法接收的日本人瓷器，收购长春存素堂的宋至清代丝绣，接收溥仪留存天津张园的珍贵文物，收回海关移交的德孚洋行一批珍贵文物等等。他在《回忆抗战胜利后平津地区文物清理工作》一文中说：“自公元一九四五年日寇投降后，奔走调查，收回被劫夺重要文物、善本图书二三千件，其中不乏国之重宝，由故宫博物院等机构接受保管，当属我一生最重要的工作之一。”
1946年底，因英文好，又精通文物，王先生又加入中国政府代表团第四组，赴日进行战犯审判、战争索赔等谈判，主要负责调查、交涉、追还被日寇掠夺的中国文物事宜。1947年，历经千辛万苦，王世襄先生从日本帝国大学等处追回了被劫夺的原中央图书馆、寄存在香港冯平山图书馆的珍善本古籍一百零六箱，其中有大量宋元版善本，并只身将其运回上海，经谢辰生先生等接收后由郑振铎先生转给设在南京的中央图书馆。这批珍善本古籍是抗战爆发后，为抢救沦陷区一些著名藏书家旧藏散失在市场上的珍贵善本古籍，当时留在上海的郑振铎、张菊生、张寿镛、何炳松、张凤举等联名电请重庆国民政府进行抢救收购。不久即收到陈立夫、朱家骅复电同意，并决定动用中英庚款原定用于修建中央图书馆的专款，作为购书经费，当即由他们五人组成“文献保存同志会”专门办理此事。当时还决定所购善本古籍，将陆续经由香港转运重庆保存，但是除第一批有80余种宋元善本由徐森玉带走经由香港送往重庆外，其余3000多种运抵香港不久，太平洋战争爆发，香港沦陷，这批珍善本古籍落入日军之手，被劫往东京。王世襄先生从日本追回的这批珍贵古籍，1949年在国民党溃败时被带往台湾，是现在台湾“中央图书馆”珍善本古籍的主体，而剩余部分则留在了现在的南京图书馆。
当王世襄先生在日本奋力追索被劫中国文物的时候，徐森玉、顾廷龙、谢辰生先生等则在上海倾注巨大心力，历时9个月，编纂完成《中国甲午以后流入日本之文物目录》。这个编纂工作既是清理战时文物损失调查的往前延伸，也是为中国政府向日本开展战争赔偿作准备的一个组成部分。正如顾廷龙先生在《跋》中指出的，清理战时文物损失委员会“曾请外交部向远东顾问委员会及盟军驻日总部提出《追偿我国文物意见书》一种，其中主要要求为：自甲午以来，凡为日本掠夺或未经我政府许可擅自发掘之一切文物，均须由日本交还。该会深感在甲午以后，我国文物为日本巧取掠夺者，为数甚伙。此次办理赔偿，自亦应不以民国二十六年后之战时损失为限。而在此期间，凡为日本破坏或因日本军事行动损失之文物，则必须责令以同类或同等价值之实物赔偿，故除编制《战时文物损失目录》外，复编《甲午以后流入日本之文物目录》，以为交涉之依据”。因此这份《目录》的编制在当时除了外交上的价值之外，在学术和民族情感上具有更为重要的价值。