但戴季陶对毛泽东来到重庆和对他的拜访，“表示敬重”，并对毛泽东的重庆之行“寄予热切的期望”。为尽地主之谊，他还请张治中代约时间宴请毛泽东，他在邀请信中说：“……前日毛先生惠访，未得畅聆教言，深以为歉！……一别二十年，一切国民所感受之苦难之解决，均系于毛先生此次之欣然惠临重庆，不可不一聚也。”9月30日晚，毛泽东、周恩来等人应邀出席了戴季陶的宴会。席间，他们仅叙往年共事之友情，不谈其他的敏感话题。
1946年春，戴季陶随国民政府从山城重庆还都南京，他率属员返抵原考试院旧址办公。这时该地呈现一片破败不堪的景象，使他感叹不已。1947年6月南京国民政府改组，他继续任考试院院长。此间，他的神经衰弱症复发，整日郁郁寡欢。内战爆发后，他认为共产党的势力日益发展壮大，会取代国民党。为此他向蒋介石进言：“今兹倭寇降而共匪炽，正与捻匪当年局势无殊，故战后艰难将十倍于战时，不可掉以轻心。”他极力反对国共谈判，曾对蒋介石说“切不可视共产党为合法之团体，匪首为正当之人物，言论为正当之道理”。 三大战役结束后，国民党的精锐部队全部丧失，戴季陶非常痛心，向左右哀叹：“时局日下，衰病之身，毫无所补，每一念及，则深惶汗。”
1949 年1 月21 日，蒋介石被迫下野，辞去总统职务。蒋介石下野后不久，就布置党政军要员撤往台湾。当有关人员通知戴季陶去台时，他一口拒绝：“不去了，但愿回四川老家以竟终年，伴父母于九泉，尽人子之责。”1949 年2 月10 日，他对秘书说：“国军难以据守西南，四川必为共产党所得。他们不会放过我，我也不甘当他们的阶下囚。”身病加心病的戴季陶，既不愿随蒋介石残喘台湾，又怕成为共产党的俘虏。1949 年2 月11 日，他终于吞服安眠药自杀。