据中国之声《央广夜新闻》报道，近日，有关网页浏览器侵犯用户隐私的争议再起：10月9日，方舟子在微博上呼吁司马南卸载360安全浏览器，称其“不安全”。方舟子连发数条微博，表示360浏览器侵犯用户隐私，窃取用户数据，并称360免费杀毒是伪命题。
今天（11日），360公司对此做出了措词激烈的回应。
9日下午，方舟子在搜狐微博上表示："360浏览器已被媒体揭露一点都不安全，像司马这样的敏感人物尤其要注意上网安全。"对此，司马南回应称："听闻此言，立马修正。上网需要私密、安全、清净。"此后，方舟子连发微博，句句针对360的安全问题。
方舟子在微博上总结了360侵犯用户隐私有三个层面；360偷窥用户隐私（包括用户名、密码、访问记录、内网数据等）；360上传用户隐私到自家服务器；360的服务器没有安全防范措施，导致搜索引擎、以及任何普通用户，都可以通过公开合法的方式获得用户隐私数据。
11日，360发出措词强硬的声明，回应方舟子质疑，声明中称：百度摸黑360安全浏览器、遏制360搜索，必是徒劳无益。有网友爆料称方舟子被百度以金钱收买和利用，以所谓“打架斗士”的身份和司马南一唱一和，频频出恶语攻击360浏览器。而奇虎360董事长周鸿祎也在个人微博上称，这是360搜索引擎竞争对手之一的百度在摸黑360浏览器，试图遏制360搜索的发展。截至目前，周鸿祎本人的电话一直未能接通。
方舟子称，360在发布声明前，多次试图与自己接触，但都被他拒绝了。
方舟子：很蹊跷，我前天质疑360以后，360马上就来公关，通过各种关系跟我私下沟通。这涉及到360用户的利益，但我不是360用户，你（360）跟我私下沟通没有任何意义。因此，我拒绝了。作为上市公司，你（360）应该做出公开的、合理的回应。360一开始想私了，被我拒绝以后，沉默了一天，今天突然发声明造谣说我被百度收买。
9日下午，方舟子在搜狐微博上表示："360浏览器已被媒体揭露一点都不安全，像司马这样的敏感人物尤其要注意上网安全。"对此，司马南回应称："听闻此言，立马修正。上网需要私密、安全、清净。"此后，方舟子连发微博，句句针对360的安全问题,称360偷窥用户隐私,360上传用户隐私到自家服务器；360的服务器没有安全防范措施，导致搜索引擎、以及任何普通用户，都可以通过公开合法的方式获得用户隐私数据。
11日中午，360发布官方声明，激烈回应方舟子的质疑。声明称：8月16号360搜索（so）推出，短时间内即获得了10%市场份额，成为国内第二大搜索引擎。显然，这触动了百度的奶酪。近两个月来，百度花费巨额资金，动员其员工、公关公司和代理商，操控媒体资源，对360大肆诋毁抹黑，并通过人工干预搜索结果，推动大量关于360的假新闻传播。不仅如此，百度还将涉及360的负面新闻放置在百度新闻网站的显著位置。近日，又有网友爆料称方舟子被百度以金钱收买和利用，以所谓“打假斗士”的身份，和司马南一唱一和，频频出言恶语攻击360安全浏览器，充当打击360的马前卒。对于百度公司对360搜索的疯狂打压，360搜索团队和360安全浏览器团队表示强烈抗议。
11日下午，方舟子在接受访谈时详细解读质疑360安全浏览器一事，称360一直都没有正面否认采集用户隐私数据，因此才希望用户提高警惕。而针对360指出的方舟子被百度收买一事，方舟子表示否认，称这是对个人名誉的严重损害，将用法律手段维权。
他表示“作为一家上市大公司，360毫无根据地用所谓"网友曝料"攻击、诽谤批评者被人收买，是很不正当的做法。这是对我名誉的严重损害，我只能起诉它，没有别的选择。”