正当刘正山在搜狐闯荡天下、收入颇丰之时，东北财大的老教授程勉先生却规劝他继续读书，从事学术研究。
思考再三，刘正山辞掉搜狐的工作，报考了中央财经大学的研究生。同时，在《中国土地》杂志谋了一份闲差。《中国土地》是"全国中文核心期刊"，对于从事学术研究的人士而言，这样的期刊是发表论文乃至用于评定职称的规定期刊，也是理想期刊。对于刘正山而言，这种一个月出版一期的刊物，工作量不大。通过在新华社练就的编辑水平和在搜狐练就的编辑速度，一个月的工作，他两三天就可以完成
这边的工资不高，每个月不过2000多元，远远低于搜狐，但是刘正山却有如鱼得水的感觉，因为有充裕的时间学习和研究。这期间，刘正山应邀担任了天涯社区(tianya)经济论坛顾问，给《国际金融报》等多家报刊撰写经济学专栏文章。从2002年初到2003年底，刘正山发表论文、随笔和评论达上百篇。
2003年，刘正山出任《中国土地》杂志的执行主编，也是历届主编中最年轻的。他就任之后，推行了一系列的改革措施，包括开设专栏邀请于光远、林毅夫等最为权威的经济学家撰写文章等等，深得读者好评。
2004年，刘正山完成了硕士研究生的学习，接着又报考了东北财经大学的博士。9月份，刘正山辞职，回到母校，继续学生生涯。
刘正山很喜欢学校的环境：按时起床、上课、自习。他最喜欢的，依然是泡图书馆。博士的借书卡一次可以借阅十多本书，期限长达90天。刘正山独住一间宿舍，于是，每次借阅一大堆书，抱回宿舍，慢慢品读。看完之后，再换回一堆书。
刘正山读书有一个特点，先"正读"，也就是说，不做任何先入之见，全面理解作者的意思；然后"反读"，也就是说，给作者挑毛病，找漏洞；最后是"综合读"，也就是公允地评价作者的观点。这一次的读书过程中，他积累了厚厚的几本读书笔记，后来由福建人民出版社予以出版，书名为《经济学林论剑》。
著名经济学家、国防大学教授卢周来撰文说："刘正山博士的《经济学林论剑--与60多位知名学者商榷》一书，应该值得我们重视。书中不仅仅对目前华人圈内一些著名经济学家如张五常、杨小凯、茅于轼、厉以宁、林毅夫等人的相关观点都提出了异议，甚至对一些世界级经济学大师如科斯、斯蒂格勒、杨格、卡纳曼等的某些思想提出了质疑。仔细看来，这些异议与质疑都并非空穴来风，而是言之成理的。"
读博期间，刘正山还撰写了《土地兼并的历史检视》、《票号的本质》等多篇颇有影响力的学术论文。前者入选中国经济学年会，并发表在《经济学季刊》上，还获得了东北财经大学研究生学术成果特等奖。
这些成果，让刘正山在学术界崭露头角。2004年底至2005年，刘正山在网络社区天涯连载经济学武侠小说《郎咸平外传》，更是让经济学界刮目相看：这个刘正山不仅经济学功底深厚，还擅长文学创作。
2006年，劳动和社会保障部(今人力资源和社会保障部)拟出台"房地产策划师国家职业标准"，邀请刘正山担任终审专家。此外，他还兼任《经济学季刊》匿名审稿专家，新浪网、新民网等特约评论员。
2007年1月，福建人民出版社出版了一套《经济学家随笔书系》，刘正山所著《幸福经济学》是其中引人注目的一种，它专门回答这样两个问题：人活着究竟是为了什么？人如何才能更好地活着？这是中国学者出版的第一本幸福经济学著作。2008年1月，《光明日报》评选的"2007年度中国学术十大热点"，这本书被列为代表作。《华夏时报》、《科技日报》、《中国社会报》、中国新闻社等多家媒体采访和报道刘正山的学术观点时，称他为"幸福经济学的提出者"、"幸福指数研究的主要推动者之一"。
到了2009年底，全国人大财经委副主任、前中国人民银行副行长吴晓灵主持的幸福指数课题组，邀请国家统计局前局长邱晓华、中共中央党校教授周天勇以及刘正山等10多位学者参与。课题组最终以刘正山设计的指标为"蓝本"，确定了幸福指数的指标体系。
做学问，博采众长是极为重要的。在东北财经大学修够学分之后，刘正山尚有充足的时间，便联系北京大学中国经济研究中心，在那里又进修了一个学期。
在北京大学读书期间，刘正山广泛参与各种学术活动，从网络媒体组织的论坛，到学术机构和官方机构组织的讨论，时常可见他的身影。后来，中共中央编译局、中国经济体制改革研究会等纷纷邀请刘正山参会，并作主题演讲，演讲观点刊发于《国内外理论动态》、《改革内参》、《经济日报》等报刊。
守望从拒绝诱惑到潜心学术
刘正山将主要精力放在基础理论的研究上。以前，一位老师曾经跟他讲，做基础理论研究是最为辛苦的，耗费的精力多，出的成果却很少。刘正山坚信，基础理论研究是一个磨刀的过程，只有磨好了刀，才能保证砍柴的便利。
当然，埋头于理论研究，并不等于将自己封闭在象牙塔中，刘正山也抽出时间积极参与"现实"。他深知"经世致用"之理，"现实"是理论的源泉之一，不参与现实，难免闭门造车。
2007年5月，国务院副秘书长徐绍史调任国土资源部部长，急需一份内参，安排下来，由刘正山负责筹办。创刊之时，因为经费和编制问题所限，刘正山只是光杆司令，一个人充当总编辑、编辑、校对、发刊员等等，而且每周出刊三种。这种情况持续了半年。徐绍史专门安排刘正山给各司局的领导同志介绍刊物情况，并多次表扬。后来，国土资源部专门下发文件，并成立《国土资源舆情》编辑部，由刘正山任主编。
2008年5月12日，汶川大地震发生之后，如何准确估算出地震带来的经济损失，是灾后重建的首要工作。刘正山根据所掌握的投资学知识估算认为，这次地震的直接经济损失约为5000亿元人民币，并于2008年5月16日发布了报告，迅即引起国内外的广泛关注，英国路透社、《中国证券报》、香港《经济日报》、香港凤凰卫视等上百家媒体广泛引用刘正山的估算数。国家信息中心、国家发改委等国家权威部门均认可刘正山的估算。国家信息中心发布的研究报告称："根据刘正山对各地区受灾损失的估计，地震带来的直接经济损失大约为5252亿元人民币左右。在较早发布的评估分析中，此项估计曾经被称为国内最悲观的估计，现在看来可能较前面的估计更为接近实际损失。"
2008年，刘正山参与中共中央党校副校长李君如和中国人民保险集团公司总裁吴焰主持的课题--《建设中国特色农村社会保障体系》。刘正山撰写了课题的第7章《建立农村社会保障体系需要处理的一些重大关系》。国务院总理温家宝和副总理李克强、回良玉、张德江、王岐山，对《建设中国特色农村社会保障体系》非常重视，都作了重要批示，认为此文对开展农村社会保障工作很有参考价值，批转财政部、人力资源和社会保障部、国土资源部、卫生部等国务院有关部门参考研究。
当不少学者在自己的博客或者著作的介绍上自称"经济学家"的时候，刘正山坚持在博客的自我介绍中写上"学者"二字，在自己的学术著作的"作者介绍"中，只是简略的说是"博士"。尽管刘正山入选"2008价值中国最具影响力百强专家"，又获博客中国网评选的"2008年度最佳博客奖"，国内外的权威媒体早已称呼其为"著名经济学家"，但他依然坚守一个底线：学海无涯，自己只是一个在海边玩耍的孩童。
刘正山说，他的学术之路才刚刚开始。他所取得的成绩，除却方法、悟性之外，是坚持。何谓坚持？通俗地讲，就是拼命三郎的精神，看准了一件事情，要专一、坚持、不怕苦。文雅地说，就是历史学家范文澜的治学格言"板凳要坐十年冷，文章不写一句空"。不论你从事什么行业，甚至是学习，都必须能够专下心来，否则，即便是你智商爆棚，也难以取得佳绩。
在北京这样充满种种诱惑的大都市，刘正山尽可能地排除外界的干扰。他的主要时间包括业余时间，都用在查阅资料、思考问题、撰写文章上面。2008年国庆、中秋双节放假8天，刘正山除了10月1日陪妻子游览奥林匹克森林公园之外，其余7天均用于看书写论着，几乎没有下楼。
刘正山常说，人与人之间智商并无天壤之别，差别在于每个人的努力和方法。譬如说，我们学习历史，都知道鲁国的"初税亩"。很多解释认为，鲁国在中国历史上首次征税(或农业税)，所以叫做"初税亩"。你该如何理解？人云亦云？当然不能。学习或者研究，要从基础入手。这是方法。那么，你就要首先明白什么是"税"。这可不是一件容易的事情。古代的"税"与现代的"税"，意思并不相同，你需要翻阅大量的资料才能搞清楚。这就需要用功、努力。刘正山为了彻底搞明白"税"、"亩"这两个字的涵义，便花费了好几周时间。不过，这种苦功夫是值得下的，他因此而重新解释了"初税亩"，自成一家之言。
当前，刘正山正忙于撰写一本学术论着--《中国土地改革史》，是国家规划项目。刘正山的梦想是为贯通上下五千年、架起东西方学术桥梁砌一块砖。他在为铸造这块金砖而呕心沥血。