充满思想和魅力的校长
1996年8月，已经是洛南中学副校长的冯云鹏走出大山，调往中国试飞研究院附属中学任校长，开始了他独当一面的学校管理生涯。
既要当校长，又坚守在教学一线给学生上课，却并不影响冯云鹏学校管理才能的发挥，短短几年里，他让该校成为西安阎良高考质量最好学校。
因为成绩突出，5年后的2001年8月，他被调往中航工业西安庆安中学任教学校长兼教务主任。这期间，他以公派留学的身份，在英国学习3个月，还获得陕西省“三五人才”称号。
2009年1月，同样因为成绩突出，冯云鹏调任西安远东第一中学校长。当时，西安远东一中正处在历史发展的瓶颈期，教育、教学、教研都面临新挑战。曾任西安高级中学校长、西安市教育科学研究所副所长的安保仁先生，在《印象冯云鹏：云路抒情志，鹏翼映霞霓》一文中说：“冯云鹏利用期末和寒假，夜以继日，调查研究，认真制定了学校三年发展规划，开始实施三项振兴工程(质量爬坡工程、校园美化改造工程、校园文化建设工程)。”他为学校确定了三年发展目标，把2009年定为“教学质量爬坡年”、2010年定为“课堂教学效果优化年”、2011年定为“课堂教学效果巩固年”。安保仁先生这样写道：“目标明确，路径正确，循序渐进，稳扎稳打，各种形式的老师、学生、家校交流活动多了起来，常规教学管理实了起来，多项教学改革的探索动了起来，学校的教育教学氛围活了起来，教师、学生、管理干部的精气神旺了起来，社会各方评价日益高了起来，为学校迈进省级示范高中行列奠定了坚实基础。”
远东一中的老师们最难忘记的是，冯云鹏任校长后，学校被评为省级文明校园，全校教职工得到一个月的工资奖励，冯云鹏也作为首批中美互派校长，前往美国交流学习一个月。
2013年8月，冯云鹏刚退居二线，朋友就找上门来，让他去西咸新区民办学校泾华学校担任校长。在朋友的死缠烂打之下，他去了。占地200亩、有学生3000多人的泾华学校在这一年几乎面临“停学的危险”，他是去“救火”的。贾重军、林学金在《品高德厚传师道，一片丹心报中华》一文中说：“冯云鹏到任后，面对危局，他立即对学校进行了手术式的改造：打造愿景、建章立制、强化管理，短期内重新塑造了全体教职工的凝聚力和向心力，激活了教师队伍，激发了大家的热情和干劲，教育成效迅速显现，学生成绩直线上升。”他创造了这所学校办学质量提升的一个奇迹，仅一年，高考成绩超过当地历史名校省级示范高中，学校也因此走上良性发展轨道，迎来了办学历史上最强劲的发展势头。
安保仁先生说：“每到一所新学校，冯云鹏都能迅速深入教职工，研究学校历史，梳理分析校情，研判问题症结;立足实际，制定务实灵活且具有前瞻性的振兴方略;盘活现有资源，发掘潜在资源，吸引外来资源，开辟新生资源;率先垂范，身体力行，使学校人心凝聚，生机焕发，面貌一新。”
2015年，延安建设新城，要发挥教育的带动作用。在多位老领导的竭力推荐和延安新区的盛情邀请之下，这年4月，冯云鹏去了延安，参与延安新区第一中学和延安新区高级中学建设。5个月后，设计现代、设施一流、配套完善的延安新区高级中学、延安新区第一中学如期开学。孙文珍在《冯云鹏：“领航”新区中学》一文中说：“2015年是延安新区中学的‘启航’之年。作为‘领航人’的冯云鹏可以说是个传奇的人物。”“他要把学校办成延安、陕北、陕西的家长、学生首选的学校，办成素质教育发展最全面的学校。”
3年后，延安新区高中首届高考一本上线率为86.7%，二本上线率达100%。2019年，一本上线率95.3%，二本上线率100%，用延安新区一位教师在《成就他人，幸福自己》一文中的话说：“位居全省第一，超越了五大名校，实现了高素质人才与高考升学率的双赢!”他把冯云鹏称为“陕西省现代教育领军人”。
杨希文先生说：“一个富有思想的校长，可以使一所前途无望的学校焕发出活力和生机。他在远东一中、西咸新区泾华学校、延安新区中学任校长期间，短短几年时间，针对不同的办学体制，扑下身子，真抓实干，凝心聚力，使这3所学校异军突起，很快成为当地一道亮丽的教育风景。”他认为，这基于云鹏个人的教育思想和领导魅力。
这些思想和魅力，或许能够在他的学校管理理念和原则上体现出来。冯云鹏坚持践行自己的“四新理念”：打造新环境，让人心情愉悦投身教育，让人耳濡目染、润神养德;推出新远景，让人坚信目标、果毅前行，让人甘心情愿为之奋斗;制定新规章，事事有章可循，科学发展，人人自觉遵守，追求卓越;实行新管理，让人体现自我，实现价值。他还有自己的实事求是、身先士卒、信任群众、尊重同事、平等待人、敢于担当、舆论监督、目标愿景、困苦关注、扬优抑劣的“管理十原则”。
安保仁先生在文章中说：“在我所熟知的教育界同仁中，冯云鹏是屈指可数的学者型教师与专家型校长的典型。”
在长期的教学和管理实践中，冯云鹏从来不人云亦云。中共陕西省委教育工委、陕西省教育厅机关原党委书记、省政府教育督导团原总督学、省督导学会会长曹普选先生说：“他和冯云鹏相识，是在一次课改会上，他阐释了高效课堂的一个观点，获得了参会者的一致认同，但是，冯云鹏却毫不犹豫地提出了不同观点，“我觉得他是一个对教育很较真的人，不人云亦云，有自己独到的见解，便从心里多了几分赏识和尊敬。”
作为老师和校长，冯云鹏把名利看得很淡。西咸新区泾华学校高级教师马正林说：“他淡泊一切名利。他对教育的爱，爱得纯粹，爱得彻底。他心心念念的只有学校、老师、学生。”曹普选先生说：“在当下商品经济背景下，作为校长，尤其是名优学校校长，难免要面对各种人情世故的困扰，但是，据我所知，他从未有过做事偏颇或徇私枉法的时候。他不动烟酒，没有吃请喜好，交好十几年，我们之间没有一次单独饭局或者私人宴请。我还经常听闻他拒绝别人送礼之事，知道他为了学校发展和教育公平，在招生、招教中坚持原则而屡受委屈。”