起诉书显示，2008年8月至2011年12月，陈英旭用自己课题总负责人的身份，将关联公司列为课题外协单位，再通过授意关联公司开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。
两家关联公司是杭州高博环保科技有限公司(以下简称“高博公司”)、杭州波易环保工程有限公司(以下简称“波易公司”)，两公司的实际控制人系陈英旭的博士生杨尚源、王云龙。
苕溪课题共分10个子课题，其中高博公司参与了第3子课题，高博公司、波易公司参与第4子课题，波易公司参与第10子课题。而检察院最终认定出问题的，是第4子课题与第10子课题。
在一些人士看来，更值得反思的是科研经费管理上的问题。
戴梦华就认为，虽然陈英旭在科研经费上的操作确有不规范之处，但更多的是源于科研经费管理的诸多主客观因素。
陈英旭是2008年正式接手苕溪课题，课题的实施期为2008年8月至2010年12月。但其中国拨经费2009年4月才到位，地方财政的配套资金更是迟迟未能完全落实。
“苕溪课题实施时间短，经费拨付又存在滞后性。因此，很多研究工作很难在实施期限内完成或达到良好的效果。”戴梦华说，据了解，苕溪项目的实际操作周期又比预想的时间长，至少需要5年的时间。但根据财政部的相关规定，课题实施期限到期做结题验收后，未用完的科研经费要退回国家。
他在辩护词中写道，考虑到课题后期工作主要有示范工程重整修复、运行维护以及产业化推广等重要工作，仍需要大量的资金支持，从而保证科研成果得到有效的保护，为将来产业化经营以及“十二五”课题的申报和运行打下良好的基础，因而，“课题组只能通过变通的方式，将部分将来需要用的资金转移出来，目的仍然是为将来课题的深入开展维护做更好的服务”。
戴梦华表示，科研经费与行政费用不同，很多花费按照现行规定无法做预算。例如，高博公司在课题申报开始，组织力量协助陈英旭开展水专项的前期调研和协调工作，至国拨经费到账前，高博公司实际发生包括业务费、差旅费、人员工资和津贴、办公费用等各项费用共计85万多元。“这些费用都是为苕溪课题服务的，但是无法体现到预算中，国拨经费中也没有对这些费用进行补偿”。
同时，按照规定，项目的示范工程应该由地方财政配套或者企业投入，但实际操作的时候，地方财政始终无法落实相关费用，企业也不愿出钱，“课题组只能通过高博公司和波易公司从国拨资金中寻求支持”。
记者在走访浙江大学环境与资源学院时，也听到了类似的看法。一位不愿意透露姓名的教师表示，陈英旭的出事更多的是因为科研经费的体制问题，“你想想，2009年把钱拨出来，2010年让你结题把钱花光，这肯定不科学。我们做课题也碰到过这样的问题，也是要自己掏钱。有些项目还好，资金到位之前，先垫付，账挂着，资金到位之后，我们可以把这个钱还掉，但是像他这个大项目，很容易出事。”
有关重大专项科研经费管理的《民口科技重大专项资金管理暂行办法》是2009年9月才出台。而有关垫付和归垫的规定《关于加强和规范民口科技重大专项资金垫付与归垫管理有关事项的通知》是2010年11月出台，有关验收的文件《水体污染控制与治理科技重大专项验收暂行管理细则》则是在2011年7月出台征求意见稿。
戴梦华认为，法律的滞后和实际操作过程中的种种问题，才导致了苕溪课题组最终出现科研经费的问题，“从中央到地方，从科研院所到各类学术机构，在项目科研经费使用上不合规的并非个别现象，这与经费使用管理制度缺乏和滞后有关”。