“‘修旧如旧’在西方是一个常用的方法，但是在中国可能概念被偷换了。在中国要修古建的时候，经常是把老的东西全拆了，按照原来的样子，用新的材料恢复，他们把这叫做‘修旧如旧’。但我们不这么认为。欧美保护文物是这样的，比如说希腊的神殿，破就破，不会按照过去神殿的样子再补回去，我们也是这样的理念。” 在智珠寺的北面，是与之共同列入同一个“文物保护单位”的嵩祝寺。嵩祝寺采用的就是林凡所说的另一种方法：全部推倒，用新材料重建。我们看到的嵩祝寺，周身被五颜六色的油彩包裹，焕然一新，已经改造成另一个私人会所。
有人把智珠寺的修缮称为“极端忠实于原貌”的修缮方法：并非凭空重造一个建筑，而是把一座 600 年历史的寺庙该有的真实面貌展示给世人看。林凡说：“这个院子在这块地上已经存在了 600 年了，600 年间发生的所有事情都应该被记录下来，将来我们对别人说起的时候，不应该说‘这地方曾经有什么，现在没有了，我们拆掉了’。我们觉得，应该尽可能地保护每段时期有特色的东西，有拆也有留。”
这种方法意味着必须耗费大量的人力、物力和财力。 2007 年，东景缘团队开始接手项目时，整座智珠寺除了宝顶以外，其他部分都被水泥墙壁、棚户等搭建物遮盖。东景缘请来的施工队是在北京市文物局注册的专业古建筑施工队，他们采用的办法是，“先挪出瓦砾、露出柱身，再一个一个横梁、有时甚至是一块块砖地展开修复工作”。
脚下看似古旧的砖石下面，其实安装了地暖。每一块砖瓦、每一根柱子都是小心翼翼地拆下来，全部一一编号，几千个编完号的砖瓦和木头堆放在库房中。东景缘的工程经理李海龙解释说：“古建修缮所用的材料与当代建筑的材料是不一样的。当代建筑会用钢筋水泥，之后若是拆了，拆下来的东西就都是垃圾了，不能再重复利用。而古建，不管是木结构还是砖结构，不管是新造或是修缮，若干年后可以拆掉，然后再按照这个样子来做。”
拆卸过程中发生损坏的，或是本来就已经损坏的砖瓦，则用完整的或是找相类似的砖瓦代替，并且通过做旧的方法来达到原来的效果，避免突兀。木结构也是如此，即使是从古建市场采购木材，首选的也是老旧木材，新木头则要先做旧，再与原来的木头相接，保留质感。“现在你看到的院子里的古建筑部分， 60% 的材料都是原来的，那些实在是不能用的，我们才替换成新的。”林凡在采访中提到。
旧砖瓦和旧木材必须根据编号归回原位，决不允许调换位置，即使是看似一模一样的卯榫结构亦是如此。虽然外观似乎没有差别，但是它们的连接之处却是不尽相同的，调换了位置就连接不了。据介绍，整个工程共清出了 200 卡车瓦砾，调换了 71 根木柱，整修了 1400 平方米棚顶。整修工作共修复了 43000 块棚顶瓦片，对一个小小的寺庙而言，工程足可谓浩大。
修缮还将持续20年
修缮过程中难度最高、耗时最久的要属大殿的修复。
1961 年的火灾导致大殿的屋顶几乎被烧毁。因此，施工队将牡丹电视机厂时期建造的假平顶卸下的时候，屋顶一片狼藉。这些烧毁的木结构并没有图纸参照，施工队只能把那些依稀还看得出模样的榫头带回工厂，照着样子重新制作。
卸下假平顶以后，尘封了几十年的精致木板显露出来，木板上的梵文画作依稀可见。但是由于年代久远，画表面已经形成了一层厚厚的油脂、灰尘，而且破损比较严重。东景缘团队请来了画家汤国和古画修复、裱画师许平帮忙修复。