虽然被认为是论文造假者可能遭遇的最严厉的惩罚制度，但教育部在7月16日公布的《关于对学位论文作假行为的暂行处理办法（征求意见稿）》（以下简称《办法》）仍被一些知名打假人士和教育问题观察者认为存在问题，比如条款太抽象，规定太笼统，一些惩处措施缺乏可操作性等。
《办法》未对抄袭、剽窃的概念作出界定
知名学术打假人方舟子告诉中国青年报记者，《办法》不仅未对抄袭或剽窃的概念作出界定，而且也没有分清抄袭（或剽窃）的多种不同情况，例如是观点剽窃、数据抄袭还是文字抄袭，是整体抄袭、大部分抄袭、小部分抄袭还是个别地方抄袭，不同的情节应予不同程度的处理，但这些都没有具体规定。“这个处理办法还只是很虚的原则性条条，不具有可操作性。”
21世纪教育研究院副院长熊丙奇 (微博)也认为，我们国家没有学术共同体，评价标准也不一，对抄袭和剽窃的定义各行其是。过去的学术不端或学术腐败问题难处理，就是因为相关规定原则性过强，可操作性差，即使社会上共同认定的抄袭、剽窃行为，当事人也总会作出“过度引用”等诡辩逃避责任，从而导致对学术失范的“零容忍”变成了“零作为”。“要让这个《办法》有可操作性，必须要出台实施细则，将一些概念作出界定，不能留下太大的自由裁量空间”。
复旦大学图书馆馆长、教育部社会科学委员会学风建设委员会副主任葛剑雄也认为，这个暂行处理办法没有对一些概念比如抄袭、剽窃等作出界定，肯定会在实际案例中引发争议。“应由主管部门（如教育部学位办、各省市教委）根据实际情况制定细则。”
学生论文有问题该不该问责指导教师
《办法》中的一些具体条款也引发了争议。如第八条规定，“指导教师未尽到学术道德和学术规范教育、论文指导和审查把关等职责，其负责指导的学生学位论文存在购买、他人代写或者抄袭、剽窃等作假情形的，学位授予单位视情节轻重，可暂停其招生、取消指导教师资格，并可给予处分直至解除聘任合同等处理”。
有声音认为，学生出的问题不该由教师承担。
方舟子认为，这一条里用了“可”，说得不明确。从理论上说，学生的论文出了问题，指导教师至少负有监督、审查不严的责任，对教师给予一定的处罚并非不公。“特别是现在学生当中之所以会出现大面积抄袭的情形，与指导教师不负责任、学校大量扩招有关，如果规定教师也要受处罚，让教师更负责任，有助于遏制抄袭的泛滥。”
葛剑雄也认为，学生论文中出现此类问题，即使教师完全没有直接责任，至少也说明他不适宜指导学生，所以暂停招生是合适的，并非不公平。
重新审查问题论文应限定时间节点
《办法》中第九条规定，“对已经通过答辩的学位论文，发现存在购买、他人代写或者抄袭、剽窃等作假情形的，该论文评阅人应当重新评阅，学位论文答辩委员会应当重新审查，并分别写出评阅意见和审查报告，送交学位授予单位的学位评定委员会重新审议”。
有声音认为，重新审查等没有时间节点的规定，本来该有的调查有可能拖一拖就拖黄了。
这种状况确曾出现过。比如，中国青年报曾揭露广州体育学院原院长许永刚博士论文存在严重抄袭问题，当事人许永刚已于2011年3月受到撤销党内职务、行政撤职处分，调离广州体育学院。
然而，今年4月，记者向许永刚的博士学位授予单位苏州大学求证后发现，许永刚的博士学位仍未被撤销，有关负责人的答复是“此事正在按有关规定处理”。
记者发现，苏州大学2009年公布的《苏州大学硕士、博士学位授予工作细则》虽规定：“对于已经授予的学位，如确认学位错授或发现有舞弊作伪等违反学位规定者，院(部、所、中心、室)学位评定分委员会和校学位评定委员会应予复议，经半数以上成员通过，校学位评定委员会可作出撤销已授学位等有关决议。”但该细则也没有作出时限上的规定。