方舟子认为，认定抄袭通常并不难，所以完全可以限定时间，例如在接到举报的半年内作出决定。
葛剑雄也表现，如果没有一个时限，很多事就会在拖延中不了了之。“外界质疑那位‘最年轻市长’硕士论文抄袭已有多年，清华一直说在调查，但不知何时会有结论。”
问责学位授予单位的规定如无细则必定形同具文
《办法》第十一条规定，“学位授予单位制度不健全、管理混乱，其学位申请者的学位论文出现多起或者连续出现购买、他人代写或者抄袭、剽窃等作假情形的，由国务院或者省级学位委员会停止或者撤销其授予学位的资格；由国务院或者省级教育行政部门核减其招生名额；并由有关主管部门按照国家有关规定对负有直接管理责任的学位授予单位负责人进行问责”。
葛剑雄和方舟子都认为，这些条款没有作出数据上的限定，有可能导致流于形式。
葛剑雄说：“这一条如不制定细则，并切实实施，必定会形同具文。”
熊丙奇则担忧：“对于这一条，鉴于学术不端处理会给学校带来严重后果，甚至被取消学位授予权，影响到来年的招生，对于学术不端，学校会严肃处理吗？还是会百般遮掩？”
“专门机构”到底指什么机构
《办法》中第十二条规定，“对本单位出现学位论文买卖、代写、抄袭、剽窃等作假情形的，学位授予单位应当指定或者委托专门机构进行调查认定，并由其学位评定委员会做出是否取消学位申请资格或者撤销学位的决定。”
对于“专门机构”的提法，葛剑雄觉得很奇怪。他说，目前我国大学里，除了各校自己组织的学术规范委员会或学术、学位委员会外，根本没有什么“专门机构”，除非涉嫌违法，才能由法院受理。对涉及校领导或上级领导的论文，校内一般处理不了，有了结论也难服众。“如不落实，此条规定也毫无实际意义。”
熊丙奇说，他也不知道这里所言的“专门机构”到底指什么机构，他表示，目前，我国高校对于内部的学术不端，尤其当事人是院士和校长时，学校往往采取不知情、不调查、不处理的“三不”态度，还美其名曰维护学校的声誉。“对于这些人的调查，确实应当启用中立的第三方机构。”
方舟子认为，对涉及普通学生的学位论文，如果都要由第三方机构来认定，会很麻烦，由校级机构来认定即可。但他也赞成“对涉及系、校领导的事件，应该由第三方机构来认定”。
有时候仅仅撤销学位对造假者并无负面影响
葛剑雄还对《办法》中第六条的规定有建议，该条规定，“学位申请者的学位论文出现购买、他人代写、或者抄袭、剽窃等作假情形的，取消其学位申请资格；已经获得学位的，依法撤销其学位。取消学位申请资格或者撤销学位的，从处理决定之日起3年内，各学位授予单位不得再接受其学位申请。”
问题在于，虽然规定已获得学位者可撤销学位，但撤销后往往对凭借学位获得工作及其他利益的造假者很难有什么负面影响，对此，葛剑雄建议，应由国务院相关部门、中纪委、中组部等制定办法，出台处理意见。“如没有相应的制度，学校取消其学位，当事人可能毫发无损，甚至可以继续使用。我认为，对于这些造假者，至少应规定在中央或省市媒体公布出来。”
葛剑雄还表示，条款中对处理意见产生争议如何处理并无规定，“包括被处理对象和举报人，如果不服，该向谁要求复议，由谁裁定，几轮终结，这些都没有明确规定，目前也没有一个机构来受理这类问题，这很容易导致为一个案例产生无休无止的争议，所以在这方面应该明确”。