“11·15”案件发生后，薄谷开来担心案情暴露，采取了毁证等一系列行动，王立军对薄谷开来不断折腾、知情面不断扩大产生不满。
2011年12月14日，薄谷开来专门设宴，请参与“11·15”案件办理、替自己掩盖杀人行为的李阳、王鹏飞、王智等人吃饭。
王立军在供述中称，第二天，郭维国带着王智和王鹏飞来到北京，我当着郭维国的面把王智和王鹏飞骂了一顿。我认为应该是我骂他们的话传回了重庆。从去年12月14日以后，薄谷开来就跟我变脸了，接触的时候就不一样了，没有以前热情了，开始对我防备。
2011年12月底，王立军身边4名工作人员被非法审查。王立军和薄谷开来的矛盾越来越大。
相关证人证言显示，2012年1月28日，王立军向当时的重庆市委主要负责人反映薄谷开来在“11·15”案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥，并被打了耳光。当时在场的郭维国在讯问笔录中称：“打了王立军，这个矛盾就公开化了。”
矛盾激化后，王立军当日即安排李阳等人重新调取证人证言，妥善保管关键物证，重新整理薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的证据材料，并提供了其秘密录音资料。后又将整理的卷宗交由李阳等人转移、保管。
王智在讯问笔录中称，1月29日，王立军把我和王鹏飞、李阳喊到他办公室，让我们把“11·15”案件重新整理卷宗。我们花了好几天时间制作了卷宗。王立军让我、王鹏飞和李阳分开保管，要放在安全的地方。
王智还说，我知道王立军当时和薄谷开来“翻脸”了，不然王立军也不会让我们整理这些卷宗。
私自出走
感到处境危险产生叛逃想法
2012年2月2日，王立军的重庆市副市长工作分工被调整，不再兼任重庆市公安局局长职务。2月初，王立军身边另外3名工作人员又被非法审查。王立军感到自身处境危险，遂产生叛逃的想法。
2月6日，王立军以洽谈工作为由，借故取消原定公务安排，于当日14时31分私自进入美国驻成都总领事馆。
起诉书显示，在美领馆内，王立军与美领馆官员就环境保护、教育、科技等事项作了短暂交谈后，即称因查办案件人身安全受到威胁，请求美方提供庇护，并书写了政治避难申请。
经重庆市和中央有关部门劝导，王立军于2月7日23时35分自动离开美领馆，愿意接受调查。
涉嫌受贿
直系亲属收受徐明出资的两套房
王立军案侦查过程中，有关方面陆续接到对其涉嫌滥用职权、受贿的反映和检举，侦查机关高度重视，经依法调查取证，掌握了相关证据。
起诉书显示，2010年以来，王立军身为重庆市公安局局长，违反国家有关法律规定，未经批准或者伪造批准手续，先后对多人使用技术侦察措施，严重破坏了社会主义法制，侵犯了公民的合法权益。
记者在庭审现场了解到王立军涉嫌受贿的主要事实：2009年4月，王立军在担任重庆市公安局局长期间，其一直系亲属调北京某部门工作，因为没有房子，收受大连实德集团有限公司董事长徐明出资人民币285万余元在北京购置的两套住房，并以其岳父名义办理了购房手续。事后，王立军当面向徐明表达了感谢。同年7月，王立军接受徐明的请托，指令重庆办案部门将已羁押的潘某、王某、张某予以释放。
2008年9月、2009年11月，王立军在担任重庆市公安局常务副局长、局长期间，大连世源贸易有限公司法定代表人于俊世先后两次为其支付在重庆租住的别墅租金共计20万元。2009年10月，王立军接受于俊世请托，指令重庆办案部门将已羁押的杨某某予以释放。 (新华社)