2005年1月26日，两家公司又与陕西省政府签订了合作协议。随后，两家公司开始投入各类前期工作。同年10月10日，省发改委下发批文，明确“该项目的配套井田为波罗井田，面积339.2平方公里，地质储量15.68亿吨，可开采量10.98亿吨”。
此时波罗井田的探矿权，已不再仅仅是一个“赌博”的机会。随着详查结果于当年8月出炉，探矿权的价值由普查阶段的1500万元，已飙升至以10亿元计。
省国土厅在接到两家公司报告的九天后，即2005年11月24日，印发“90号文”，并未就探矿权的归属做出明确表态，向上级请示的意味明显。面对争夺探矿权的双方，分管省国土厅的副省长在“90号文”上批示，“按照省政府的明确要求，陕北的煤炭资源委托地勘和煤勘部门代表省政府进行普查和详查，然后根据‘三个转化’原则，经过评估转让给省政府所明确的转化项目开发主体进行精查和开发。所以，西勘院与凯奇莱公司联合勘查并不影响中化集团的资源精查和项目开发，所影响的仅是勘查资料评估收益在西勘院和凯奇莱之间如何分享。”
他要求，“现在当务之急是明确评估转让，由开发主体进入精查和项目启动。”
一审与重审
但探矿权被给予其他公司，直接导致西勘院无法履行与凯奇莱公司的合作勘查合同。凯奇莱公司因此以违约为由，将西勘院诉至陕西省高级法院，请求判定后者履行合同。
2006年10月，陕西省高级法院一审判决，双方的合作勘查合同有效，继续履行；西勘院支付凯奇莱公司2760万元违约金；西勘院将探矿权转移到凯奇莱公司名下。
西勘院不服判决，上诉至最高法院。该案虽属民事纠纷，但由于专业性强，既有市场成分，又涉及到行政审批，最高法院对此极为重视，主审法官曾赴西安约陕西省国土厅、省发改委、省地勘局等部门座谈了解案情，还曾主动邀请陕西省政府派员来北京座谈。
随后，陕西省政府应最高法院要求，致函最高法院报告该省对于此案的意见。在这份报告中，省政府首次就审批程序问题做了解释。
陕西省政府认为，凯奇莱公司与西勘院签署的合同属于无效合同，原因在于，合作合同必须完成备案手续方能生效。虽然省国土厅曾出具同意双方合作勘查的协调意见（即“65号文”），但由于凯奇莱公司没有落实转化项目，省政府并未批复同意该协调意见，双方也未按照协调意见向省国土厅上报精查阶段的备案资料。
据此，省政府认为，备案手续并未实际完成。
报告末尾，陕西省政府“请求最高法院以事实为依据，以法律为准绳，充分考虑和重视陕西来之不易的良好发展大局，作出公正判决”。显然陕西省担心，若一审判决生效，将可能形成仿效效应，对已形成的煤矿开发秩序造成影响。
了解完上述情况后，最高法院于2009年11月作出二审裁定，原审判决认定事实不清，发回重审。
在双方的合作勘查合同里，已涉及到勘查成果的转让条款。在一审判决中，西勘院须将探矿权转移至凯奇莱公司名下，即是履行此条款。
对此，在接受最高法院办案法官询问时，时任省地勘院院长樊晶表示，“合同内有转让的内容，涉及与现行法规相悖的问题。”据国务院《矿产资源管理办法》规定，“经依法批准，可以将探矿权转让他人。”时任省国土厅助理巡视员鲁学恭表示，“转让要有探矿权转让的批复。”
省高级法院在重审中认为，双方的合作勘查合同，名义上是合作勘查煤炭资源，实质上是探矿权转让，这一点在诉讼过程中也得到了原被告双方的确认。既然如此，那么就应按照相关法律法规的规定，双方向审批管理机关提出探矿权转让申请，待审批后方可履行合同。但双方只是将所签合同报送省国土厅备案，并未完成备案。