李培英案的“突破口”是从中国华闻投资控股有限公司常务副总王政那里打开的。审计时发现，首都机场有一笔巨额资金在王政那里，账面显示是15亿元，是首都机场委托王政理财，后转化为公司间的债权债务关系。在继续追查这15亿元的资金来源时，审计人员发现其中9亿元是从首都机场的账户上转过去的，6亿元是从中国民族国际信托投资公司转去的。而银行账户显示，中国民族国际信托投资公司只通过银行转账3.38亿元，另外2.62亿元来源不明。
经进一步审查，2.62亿元的来龙去脉很快就清楚了。原来，首都机场在委托中国民族国际信托投资公司理财时，投入了6亿元资金，但股市风云变幻，最后只剩下3.38亿元。后首都机场终止了与中国民族国际信托投资公司的理财协议，转而委托由王政控制的北京广联经济开发有限公司理财，并要求北京广联经济开发有限公司承担2.62亿元的亏损。另外首都机场再给北京广联经济开发有限公司9亿元理财资金，这样李培英就与王政签署了15亿元的委托理财协议。而这2.62亿元的亏空，被北京广联经济开发有限公司以融资成本的方式予以平账。
问题出在2.62亿元的亏损当中。这个亏损是以“打包”方式出现的，就是中国民族国际信托投资公司给首都机场理财时，共计出现了2.62亿元的亏损，在细查每一笔亏损时，其中有8250万元是被李培英分三次转走的，并不是理财亏损。
李培英从6亿元的委托理财资金中转出的8250万元，被济南中院认定为贪污。
对这8250万元资金，李培英作了如实供述。侦查机关认为，李培英能够如实供认犯罪事实，认罪态度较好。据此，济南中院一审以贪污罪判处李培英死缓。其死刑源于受贿罪。
积极退缴赃款
侦查机关认为，在受贿问题上，李培英主动交代了大部分犯罪事实。因为有关机关在对李培英采取相关措施前，虽然掌握了其主要贪污犯罪事实，但对受贿犯罪只掌握了一部分，大部分受贿犯罪事实是其主动交代的。
李培英的受贿犯罪集中在1995年1月至2003年11月。当时首都机场“钱太多了”，便成立了一个投资公司，目的是让“钱生钱”。侦查机关认定，李培英先后11次收受陈小平、麦炳辉、胡和建、覃辉、蔡汉德、王政等7人财物共计2661.44万元。
1994年7月，深圳市经济协作发展公司总经理陈小平急需2000万元资金，找到李培英帮忙。李培英安排首都机场财务处以“以存定贷”的方式，将首都机场的公款2000万元借给陈小平，期限一年。到期后，陈小平除归还本金外，还给首都机场利息63万元，贷款服务费用192万元，合计255万元。其中的192万元进入了机场小金库。为此，李培英于1995年1月在深圳晶都酒店收受陈小平30万元。
2000年9月，北京嘉利恒德房地产开发有限公司董事长胡和建，从首都国际机场拆借资金6000万元用于房地产开发。2003年3月，胡和建通过香港汇丰银行个人账户，汇给在美国读书的李培英的儿子李庆10万美元。
2002年6月至2003年9月，李培英接受卓京投资控股有限公司董事长覃辉的请托，先后4次安排首都机场为其拆借了资金6.3亿元。为表示感谢，2002年7月，覃辉汇给李培英在美国的儿子李庆100万美元。2002年4月及2003年11月，李培英先后两次向覃辉索要1040万元，其中的1000万元转往香港用于偿还赌债。
覃辉累计向李培英行贿1867.68万元，占到李培英受贿总金额的70%。覃辉被坊间称为“隐身富豪”，一度成为媒体关注的焦点人物。他出身于四川达县一个普通家庭，中等身材，相貌英俊。覃辉最主要的发迹场所和显赫的生意来自娱乐业——北京著名的“天上人间”夜总会，并借这一交际场，结交了大量高端人士。在2005年建设银行原董事长张恩照案中，覃辉就是行贿人之一，并被检察机关逮捕，后取保候审。经北京市一中院认定，2002年至2005年间，张恩照先后6次收受覃辉给予的贿赂款，总计6万美元、20万港元、10万元人民币。为此，张恩照给覃辉提供了6亿元贷款帮助。