从全年看，回报落后的基金，一是多数为早期成立的开放式基金受契约20%国债的限制，使得股票仓位上限一般为75%；二是在组合上，或者以中小盘股票为主，或者在投资侧重某些行业例如公用事业等，而受行业表现落后的拖累。
从公司看，上投摩根、景顺、易方达(易方达新闻,易方达说吧)、富国、广发旗下股票型基金业绩相对居前，嘉实则在下半年提升明显。
34只可比的积极配置型基金中，有16只基金回报超过100%，除个别基金外，绝大多数都战胜了业绩基准（晨星大盘指数与中国债券总指数复合）。业绩居前的基金，多数股票仓位较高；落后的基金，多数股票仓位较低，且规模较小。四季度回报领先的基金多数是年内成立的新基金。几只贰号基金表现不错，百亿基金也颇佳。高比例分红的基金则在当季表现落后，根据统计，四季度部分基金高分红对回报的负面影响约在5个百分点左右。
6只保守配置型基金中，国投瑞银融华债券和南方宝元债券遥遥领先，回报超过50%，较高的股票仓位是主要原因。而值得关注的是，银河银联收益债券比例保持在70%以上，权益类比重不断降低。
债券型基金业绩差异大
普通债券基金中，10只老基金回报差异较大，高、中、低呈现3：4：3格局；在风险特征上，也呈现由高到低相应的匹配。
长盛中信全债、富国天利增长和嘉实债券回报率均在27%以上，权益类投资是其回报领先的重要原因。其中长盛中信全债得益于可以直接从二级市场买股票，加上新股申购，在牛市里轻松跑赢同类，回报高达32.69%。富国天利增长上半年股票仓位显示较高主要是受股改的转债转股停牌和增发 限售股泰豪科技增发的影响，而下半年股票投资明显降低，更多依靠转债投资增加收益。嘉实债券上半年收益主要来源于雅戈转债转股在复牌后带来的巨大回报，下半年尽管加长纯债组合久期从而分享了当期长债的良好回报，但组合收益更多是来自积极参与新股认购也获得额外收益，在可转债上则配置较少。
而回报和风险居中的四只基金主要是依靠转债投资增加收益，股票投资较少。回报和风险较低的三只基金三季度组合久期较短而错过长债行情似乎是共同点，在权益类投资（股票/转债）上则态度不同。
短债基金中，多数基金回报平稳且差异不大，而南方多利中短债由于操作激进、持有较多的交易所国债而显得特立独行。此外，个别基金在运作过程中产生的问题使得短债基金的流动性管理与风险控制在2006年倍受市场关注。
保本基金平均收益35.44%，各保本基金借股市走好增加股票资产的比重，从而也都获得17%以上的收益率。其中南方避险增值一只净值上涨超过80%，其中四季度收益率达到34.83%，一是与其重点配置金融地产、重仓股表现突出有关，二来也与其成立时间长有关。
货币市场基金年度平均收益为1.89%，较2005年度有明显降低。由于再融资启动后对资金的分流以及央行控制快速增长的信贷意图给货币市场基金带来短期负面影响，尤其是一些原来流动性风险相对较大的基金在规模变动较大时问题就暴露出来。